У Франції спостерігається значне зростання чисельності птахів: популяція орлів Бонеллі подвоїлася за останні десятиліття. Наразі в середземноморських регіонах країни зафіксовано 51 пари, що більше ніж у початку 21 століття.
Хоча орел Бонеллі вважається видом з низьким ризиком на глобальному рівні, в Європі він під загрозою зникнення, а в Франції — навіть під загрозою. Ці птахи гніздяться на скелях та полюють на дрібних ссавців.
Дані про пари, що розмножуються, були опубліковані 28 липня групою орнітологів Руссільйону. У 1999 році повернулися близько 20 пар після зимового мігрування, що свідчило про катастрофічний спад чисельності на понад 75% від попередніх піків. У наступні роки було реалізовано три Національні плани дій, спрямовані на відновлення популяції шляхом захисту середовища існування, роботи з мисливцями, маркування пташенят та супутникового моніторингу.
Ці плани організували Міністерство екології, сталого розвитку та енергетики разом із природоохоронними асоціаціями, представниками мисливського середовища та місцевими органами влади. Орел Бонеллі є одним із найменших представників «справжніх» орлів роду Aquila. Незважаючи на це, він відомий як сміливий хижак і, як багато інших хижих птахів, утворює пари на все життя.
Європейська популяція оцінюється в 1,1-1,2 тисячі пар, згідно з даними BirdLife International за 2015 рік, з яких більше 700 пар мешкає в Іспанії. У Франції відновлення популяції дозволило цим птахам повернутися в раніше покинуті місця, зокрема в Альпи Верхнього Провансу. З 38 пар, що сформувалися, 34 пташенят вилупилися, що надає надію досягти мети у 60 пар.